Obstaja več različnih madežev, ki jih je mogoče uporabiti za vizualizacijo in fotografiranje DNK, potem ko je material ločen z gelsko elektroforezo. Med mnogimi možnostmi so ti pet sevov najpogostejši začetki z etidijevim bromidom, ki je najbolj razširjen. Pri delu s tem procesom je pomembno, da ne samo poznate razlike med sevi, ampak tudi inherentno tveganje za zdravje.
01 Etidijev bromid
Etidijev bromid je verjetno najbolj znano barvanje, ki se uporablja za vizualizacijo DNK. Ta barva se lahko uporablja v mešanici gela, v odbojniku za elektroforezo ali po nanosu gela. Molekule barvila se držijo DNA žlebov in fluorescirajo pod UV svetlobo, ki vam natančno kažejo, kje so pasovi znotraj gela. Kljub svoji prednosti je pomanjkljivost, da je etidijev bromid možen rakotvoren, zato ga je treba ravnati z veliko pozornostjo. Zaradi možnih tveganj za zdravje pri delu s tem gelom so bile ugotovljene alternative. 02 SYBR Gold
SYBR zlato barvilo se lahko uporablja za obarvanje dvojne ali enostranske DNA ali za rdečo rdečo barvo. SYBR Gold je bila ena od prvih alternativ etidijevem bromidu, ki je dosegla trg in velja za bolj občutljivega od etidijevega bromida. Barva ima 1000-krat večjo UV-fluorescenco, ko je vezana na nukleinske kisline. Nato prodira v debele in visoke vsebnosti agaroznih gelov in se lahko uporablja v formaldehidnih gelih. Ker je fluorescenca nevezane molekule tako nizka, se ne zahteva odtekanje. Imetniki licenc Molecular Probes so tudi (od uvedbe SYBR Gold) razvili in tržili SYBR Safe in SYBR Green, ki so varnejše alternative etidijevemu bromidu.
03 SYBR Zelena
Madežev SYBR Green I in II (spet, ki jih tržijo molekularni sondi) so optimizirani za različne namene. Ker se vežejo na DNK, se še vedno štejejo za potencialne mutagene snovi in zato jih je treba skrbno ravnati. SYBR Green I je bolj občutljiv za uporabo z dvojno verižno DNK, medtem ko je SYBR Green II na drugi strani najboljši za uporabo z enojno verižno DNA ali RNA. Tako kot priljubljeno barvilo Ethidium Bromide, ti zelo občutljivi madeži fluorescirajo pod UV svetlobo. 04 SYBR varen
SYBR Safe je bil zasnovan kot varnejša alternativa etidijevemu bromidu in drugim madežem SYBR. Ne šteje se za nevarne odpadke in se jih običajno lahko odlaga prek rednih kanalizacijskih sistemov (tj. Navzdol odtok), ker preskušanje strupenosti kaže, da ni akutne toksičnosti. Preskušanje prav tako kaže, da je malo ali nič genotoksičnosti na celicah Embryo (SHE) sira, človeških limfocitov, celic mišjega limfoma in v testu AMES. Barvilo se lahko uporablja z modrim svetlobnim transiluminatorjem, ki povzroči manjšo škodo na vidni DNA in nudi večjo učinkovitost za kasnejše kloniranje. 05 Eva Green
Eva Green je zeleno fluorescenčno barvilo, za katero je bilo ugotovljeno, da v manjšem obsegu zavira PCR kot druga barvila. To je zelo koristno za aplikacije, kot je kvantitativna PCR v realnem času. Prav tako je dobra izbira, če uporabljate geli z nizkim tališčem za obnovo DNA. Je zelo stabilen pri visokih temperaturah in ima zelo nizko fluorescenco kot samostojno, vendar je zelo fluorescenten, ko je vezan na DNA. Pokazalo se je tudi, da ima Eva Green zelo nizko citotoksičnost ali mutagenost.